Acabei de ter esse problema em Marte 2. Clicar duas vezes em um arquivo no Explorador de Projetos abriria o arquivo na visualização Explorador de Projetos. Isso aconteceu depois que fechei a visualização Explorador de Projetos e a reabrei. A solução que encontrei foi mover o Project Explorer para a área inferior (eu tinha Console, Pontos de Interrupção, etc.). Quando fiz isso, ele se moveu para baixo, mas também foi para o lado esquerdo da janela e voltou a funcionar normalmente, abrindo arquivos .c em suas próprias visualizações de editor.
A única coisa que encontrei para corrigir isso é mover a visualização do Explorador de Projetos, fechá-la e reabri-la. Isso consertou isso para mim.
Edit: Descobri que, se eu arrastar a guia Explorador de Projetos até a área inferior abaixo do código, ele ficará em branco e criará sua própria coluna magra ao lado e interromperá a abertura de janelas na guia.