Você só precisa criar um arquivo .desktop em ~/.local/share/applications/ (para um único usuário) ou /usr/share/applications/ (para cada usuário). Todos os arquivos .desktop em qualquer um desses locais aparecerão no seu Menu Whisker (e também no menu padrão de aplicativos XFCE).
Você pode ler sobre a sintaxe de um arquivo .desktop aqui .
No que diz respeito à configuração da aplicação no seu $PATH , você declarou que criou um link simbólico para o programa em /usr/bin . Seu programa já está coberto; /usr/bin já está configurado no seu $PATH pelo sistema.