Não há como preveni-lo globalmente, infelizmente para o seu problema.
Mas existe uma maneira de desativar as reinicializações automáticas após a atualização do Windows (pelo menos).
Vá para Executar e digite: gpedit.msc
Agora vá para: Política de computador local > Configuração do Computador > Modelos Administrativos > Componentes do Windows > Atualização do Windows > Nenhuma reinicialização automática com usuários logados agendou a instalação de atualizações automáticas
E talvez você também possa desativar o modo "sleep", isso também é um incômodo (aos meus olhos).
Go to Start->Control Panel->Power Options
Select **Change when the computer sleeps**
Choose **Never** and Save changes