--
como opção do programa significa que "todos os argumentos que se seguem não são opções do programa, mas arquivos a serem abertos". --user-data-dir=D:\Chrome
é uma opção, mas o Chrome lê --
primeiro e trata essa opção como um nome de arquivo.
Tente alterar esse valor do registro para o seguinte:
"C:\<application-path>\chrome.exe" --user-data-dir=D:\Chrome -- "%1"
Há também outra opção. Se você não precisar do perfil padrão e quiser substituí-lo por D:\Chrome
permanentemente, poderá substituir o diretório desse perfil por um link simbólico para D:\Chrome
. O Chrome ainda tentará carregar o perfil padrão, mas o sistema de arquivos o redirecionará para seu perfil personalizado.