-- como opção do programa significa que "todos os argumentos que se seguem não são opções do programa, mas arquivos a serem abertos". --user-data-dir=D:\Chrome é uma opção, mas o Chrome lê -- primeiro e trata essa opção como um nome de arquivo.
Tente alterar esse valor do registro para o seguinte:
"C:\<application-path>\chrome.exe" --user-data-dir=D:\Chrome -- "%1"
Há também outra opção. Se você não precisar do perfil padrão e quiser substituí-lo por D:\Chrome permanentemente, poderá substituir o diretório desse perfil por um link simbólico para D:\Chrome . O Chrome ainda tentará carregar o perfil padrão, mas o sistema de arquivos o redirecionará para seu perfil personalizado.