Eu nunca faço referência a um controle de formulário em uma consulta salva, a menos que seja absolutamente necessário, pela mesma razão que você encontrou - isso torna as consultas menos amplamente utilizáveis em virtude da dependência externa do formulário ser aberto.
O Access fornece várias maneiras de aplicar critérios a conjuntos de registros em tempo de execução, portanto, quase nunca há necessidade de configurar uma dependência em um controle de formulário.
Dito isto, se você pode se conectar ao seu banco de dados com DDE, ele deve ser capaz de fazer o trabalho. O DDE costumava ser o padrão para a mesclagem do Word dos bancos de dados do Access (para meu incômodo eterno). Ele inicia uma nova instância do Access (o que significa que, se você tiver segurança em nível de usuário, ela aguardará com um prompt de nome de usuário / senha e nunca abrirá seu banco de dados) e se comunicará com ele por meio de comandos DDE de estilo antigo . No seu caso, deve funcionar se você abrir os formulários necessários nos utilitários de inicialização do seu banco de dados. No entanto, se eles precisarem que os dados sejam preenchidos pelo usuário em tempo de execução, isso também não funcionará.
A solução final é dissociar suas consultas salvas dos formulários ou usar a sequência SQL bruta no Excel para recuperar os dados (sem a referência do formulário).