Você pode salvar manualmente seus favoritos em um único arquivo .json
e, posteriormente, usar esse arquivo para restaurá-los.
Na barra de menus do Firefox 4, clique na guia Favoritos e, em seguida, clique em "Mostrar todos os favoritos" na lista suspensa. Na janela da Biblioteca aberta, clique na guia Importar e Backup e selecione "Backup ...". Dê um nome ao seu arquivo e salve-o em uma unidade externa ou em uma unidade on-line.
Se você quiser sempre que seus favoritos sejam sincronizados ou salvos na nuvem, siga a solução do @Sathya.