Acho que isso vai acabar sendo uma resposta de preferência pessoal, mas eu prefiro a solução rsync + ssh porque
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O
- ssh está sempre instalado nos dias de hoje, mas o stunnel nem sempre está disponível.
- Eu não preciso gerenciar mais um serviço (já estou gerenciando o sshd)
- toda a minha solução de problemas acontece em uma janela de terminal, se eu precisar dela (-vvv no ssh)
Um exemplo de comando rsync -av -e ssh user@host:/remote/dir /this/dir/
Finalmente, você tem pelo menos mais uma opção: uma VPN. Depois de configurá-lo uma vez, ele tem a vantagem de ser transparente enquanto você usa o rsync simples e qualquer outra comunicação máquina-a-máquina que você deseja executar. Primeiro considerei um problema se uma das máquinas é hackeada, mas não é diferente de usar ssh / stunnel nesse sentido.