Existem algumas peças no quebra-cabeça. Você tem um JBOD e quer tratá-lo como uma única unidade - o greyhole funcionaria muito bem para isso. Ele expõe as unidades como um único compartilhamento de samba e permite cópias redundantes. Eu provavelmente combinaria isso com o rdiffbackup para armazenamento incremental eficiente.
Outra maneira de pensar nisso é usar inotify / incron para acionar um processo de backup para ser executado. Tenha uma unidade mestre e uma série de scripts que façam backup para a outra unidade de backup. Precisa de mais configuração (e teste!), Mas provavelmente funcionaria bem.