Como afirmei em meus comentários, desde que o sistema de arquivos real na partição tenha sido configurado para usar clusters de 4kb e esses clusters estejam alinhados com os setores de 4kb das unidades, garantindo que o valor inicial do setor da partição seja múltiplo de 8, o próprio sistema operacional sempre grava seus dados em clusters de 4kb e, portanto, sempre grava no drive em um bloco de setor de 4kb. Isso significa que você nunca verá a penalidade de desempenho de leitura-modificação-gravação.
A Western Digital informa como garantir que suas partições estejam alinhadas em 4kb no link
The Linux partition editor: parted, has an alignment option to ensure that Advanced Format drives are correctly configured from version 2.1:
-a alignment-type, --align alignment-type
valid alignment types are:
none Aligns to 512 byte sector boundaries. cylinder Align partitions to cylinders. minimal Use minimum alignment: 4KB on AF drives optimal Use optimum alignment: 1MB boundaries
The default from parted 2.2 is to align to 1MB boundaries - optimal. Use minimal or optimal for Advanced Format drives. For example if your drive is sda:
parted -a optimal /dev/sda
will ensure that parted creates partitions on 1 MB boundaries.