Algo está quebrado ou talvez configurado incorretamente.
As mensagens serão movidas no estado em que já estão (ou seja, lidas ou não lidas). Você pode incluir explicitamente uma etapa em suas regras para marcá-las como lidas, mas não vice-versa. Você pode editar sua regra para verificar se ela não está marcada como marcada toda vez?
Faz diferença se a pasta de destino é uma subpasta da sua caixa de entrada (eu configurei vários dessa maneira e eles funcionam bem) ou se é apenas uma pasta sob a raiz da sua caixa de correio?