Você pode fazer isso com VOB Blanker e é totalmente gratuito. Você pode selecionar quais capítulos (episódios) devem ser unidos e exportá-los todos como um arquivo VOB enorme que você pode codificar usando seu software de codificação favorito.
Espero que isso ajude!
A propósito, sobre problemas de sincronização de áudio, evite usar VBRs e escolha CBRs. Isso resolve problemas de sincronização de áudio mais das vezes.