Provavelmente o GIMP. Você pode editá-lo também enquanto estiver nele. Basicamente, você os adiciona como camadas e, em seguida, quando você salva como GIF, ele fornece uma opção para animar ou mesclar.
Se você quer apenas juntá-los, o ImageMagick provavelmente faria o truque também, mas eu não saberia como.