A desfragmentação é por ação do sistema de arquivos. Por exemplo. se você desfragmentou sua unidade C: no SO "A", e essa unidade é mostrada como, digamos, D: no seu outro sistema operacional "B", você não precisa desfragmentar novamente.
No entanto, certos utilitários de desfragmentação reorganizam arquivos no disco para acesso mais rápido. Por exemplo. arquivos acessados com freqüência que são usados juntos são colocados próximos um ao outro no disco para acesso mais rápido. Naturalmente, essas estatísticas são mantidas por sistema operacional, então você precisa desfragmentar sistemas de arquivos onde essas coisas são levadas para uma conta no sistema operacional que mantém essas estatísticas. Por exemplo. se você está deframando a unidade do sistema de algum sistema operacional, faça isso no mesmo sistema operacional.
Dado que a maioria dos sistemas operacionais modernos desfragmenta seus sistemas de arquivos automaticamente, ou não precisa de desfragmentação, eu só preciso manter seus sistemas de arquivos "não cheios", por exemplo. com cerca de 20% de espaço livre disponível e você não precisa para desfragmentar.