Adobe After Effects - se você puder pagar. De certa forma, é como o Flash, mas com muito mais recursos e direcionados à edição de vídeo profissional - fazendo com que o Flash pareça um brinquedo para crianças. A norma é renderizar o resultado final em arquivos de vídeo, em vez de gerar um arquivo de animação renderizado em tempo real.
MAS - eu realmente não usei - só vi alguns vídeos de treinamento, e isso há algum tempo.
O jahshaka tem sido descrito como uma alternativa de pós-efeitos de código aberto, e o CineFX é aparentemente o novo Jahshaka. Eu tenho medo de saber tanto sobre isso como descobri em alguns minutos olhando para sites da Web.
Há também uma ferramenta para animação e mídia interativa chamada Processing, que (você adivinhou) na verdade eu não usei.