O Flash tem essa capacidade e, apesar de a Apple odiá-lo, como ratos ratpoison, ainda é um belo bom animador / editor de vídeo para as massas.
Você também pode encontrar algum lugar que faça isso comercialmente (por exemplo, Cartoon Network) e tente contatá-los, entrevistá-los ou algo assim e descobrir o que eles usam. Eles provavelmente usam sua própria solução, mas você nunca sabe.