Não sei ao certo o quão strong você deseja que sua criptografia seja. Mas talvez um arquivo criptografado (rar / winzip / 7zip) seja uma opção para você. O howto de extrair esses arquivos é bem conhecido e fácil de explicar, se necessário. Haveria até mesmo uma opção para fazer auto extração.
A versão mais recente do RAR seria RAR3, que suporta criptografia AES com comprimento de chave de 128 bits, por exemplo. Os dados do arquivo e os cabeçalhos serão criptografados.
Dessa forma, não há segurança para facilidade de uso, mas ainda é difícil "quebrar" um arquivo tão protegido. Mas esteja ciente de crackers de senha que são projetados para brutar senhas em tais arquivos ...