Com base nas informações e inspiração fornecidas por Johannes Rössel (basicamente que os aplicativos de compactação não suportam o que estou tentando fazer), desenvolvi uma maneira mais elegante de resolver meu cenário específico. Embora isso não resolva a pasta raiz nomeada em um problema de arquivamento, ela pode fornecer às pessoas que procuram uma resposta uma maneira diferente de analisar seu próprio problema.
Minha solução para contornar o processo de arquivamento de 3 etapas foi substituir as duas primeiras etapas por uma verificação de controle de origem (por marca) em uma pasta nomeada.
Esta é uma solução muito mais elegante, assim como eu deveria ter atacado o problema em primeiro lugar (pois garante que a distribuição final corresponda ao que está no controle de origem).