Eu acho que você provavelmente quer escrever um arquivo .desktop, que pode ser associado a arquivos de vídeo ("open with ..."), para o script bash: link
link :
Place this file in the /usr/share/applications directory so that it is accessible by everyone, or in ~/.local/share/applications if you only wish to make it accessible to a single user.
Editar por leetwanker: Aqui está o arquivo .desktop que acabei fazendo. Eu teria preferido mantê-lo no meu próprio post, mas aparentemente isso é desaprovado pelos mods aqui.
Eu criei este arquivo fixvideo.desktop em ~/.local/share/applications/
[Desktop Entry]
Comment=
Terminal=true
Name=fixvideo
Exec=/home/user/fixvideo.sh %f
Type=Application
Icon=/usr/share/icons/gnome/48x48/apps/gnome-settings-theme.png
Encoding=UTF-8
Hidden=false
NoDisplay=false
Categories=AudioVideo;Player;Recorder;
MimeType=video/dv;video/mpeg;video/x-mpeg;video/msvideo;video/quicktime;video/x-anim;video/x-avi;video/x-ms-asf;video/x-ms-wmv;video/x-msvideo;video/x-nsv;video/x-flc;video/x-fli;video/x-flv;video/vnd.rn-realvideo;video/mp4;application/mp4;video/mp4v-es;video/mp2t;application/ogg;application/x-ogg;video/x-ogm+ogg;audio/x-vorbis+ogg;audio/ogg;video/ogg;application/x-matroska;audio/x-matroska;video/x-matroska;video/webm;audio/webm;audio/x-mp3;audio/x-mpeg;audio/mpeg;audio/x-wav;audio/x-mpegurl;audio/x-scpls;audio/x-m4a;audio/x-ms-asf;audio/x-ms-asx;audio/x-ms-wax;application/vnd.rn-realmedia;audio/x-real-audio;audio/x-pn-realaudio;application/x-flac;audio/x-flac;application/x-shockwave-flash;misc/ultravox;audio/vnd.rn-realaudio;audio/x-pn-aiff;audio/x-pn-au;audio/x-pn-wav;audio/x-pn-windows-acm;image/vnd.rn-realpix;audio/x-pn-realaudio-plugin;application/x-extension-mp4;audio/mp4;audio/amr;audio/amr-wb;x-content/video-vcd;x-content/video-svcd;x-content/video-dvd;x-content/audio-cdda;x-content/audio-player;application/xspf+xml;x-scheme-handler/mms;x-scheme-handler/rtmp;x-scheme-handler/rtsp;
Eu tive que "redefinir para os padrões do sistema", a fim de adicionar isso à lista de "Aplicativos recomendados" para arquivos .mp4.