Tenho certeza de que o iTunes grava automaticamente metadados sobre seus arquivos nas tags ID3 dos arquivos individuais. Além disso, esses dados são transferidos para os iPods de dentro dos arquivos e mantidos quando você arrasta os arquivos do iTunes para a área de trabalho. Também consegui para o Google um artigo que diz que editar metadados do iTunes edita diretamente as tags ID3. Você está bem.
EDIT: Na verdade, eu acabei de descobrir que há uma opção "Converter ID3 Tags" neste menu "Avançado" do iTunes. Você pode tentar isso, esta página de suporte da Apple diz que pode ajudar com a compatibilidade de seus metadados.