Eu luto com problemas semelhantes no Windows 8.1.
Ao clonar do HDD para o SSD, as partições em série e o GUID permanecem intactos.
Mas eu não quero remover o disco rígido original do sistema. Então, eu precisava mudar o GUID (no GPT para a partição FAT EFI) e remover a partição do sistema Windows do disco rígido original após a clonagem e antes da recuperação da inicialização.
Quando o ID de partição não é exclusivo, o Windows funciona de maneira estranha, por exemplo, a recuperação de PE não consegue detectar o HDD e o SSD.