Nativamente, você não pode se livrar das bordas desalinhadas, a menos que defina as exibições para a mesma resolução e alinhe as exibições (no lado que elas compartilham) nas propriedades de exibição.
O programa DisplayFusion tem a opção de evitar bater nas bordas ao mover-se entre monitores em diferentes resoluções, bem como aqueles que não são alinhado exatamente.
Eu tenho sido feliz usando DF há anos para lidar com vários monitores, e é muito útil. :)