Would I lose my files?
Se você instalar o Windows 10 no seu SSD. Os arquivos no seu disco rígido atual nem seriam tocados.
if files are not lost, how would they appear in my new Windows 10
system?
Somente se você conectar seu HDD ao sistema, eles estarão.
Would there be any problem with the hardware change?
Isso pode causar problemas. Depende totalmente se a sua licença do Windows 7 é uma licença OEM ou não.
Would you recommend to wait until I have the new MOBO and then
switching to W10?
A ativação do Windows 10 é baseada em um direito digital. Este direito é baseado no hardware da máquina. A Microsoft considera uma máquina como a placa-mãe. Uma licença de varejo do Windows 7 pode ser ativada em várias máquinas. A licença do Windows 10, fornecida gratuitamente a você, é limitada a uma única máquina, mas seus direitos de usuário originais concedidos a você ainda permanecem.
Você tem direito a uma única licença para o Windows 10 devido à sua licença do Windows 7. Em outras palavras, se você instalar o Windows 7 na máquina, após a atualização da placa-mãe e atualizar para o Windows 10, estará de acordo com os seus direitos.
Dependendo de alguns fatores, até mesmo uma licença OEM do Windows pode ser transferida. Se você mora em uma região, onde esse é o caso, entre em contato com a Microsoft para obter uma licença do Windows 10 que possa ser transferida.
A partir do Windows 10 versão 1511, o Windows 10 pode ser instalado e ativado com uma licença do Windows 7. Isso só é possível se você usar um .ISO atualizado, que é a única versão, atualmente distribuída pela Microsoft.