Tente criar um script como este. . .
#!/bin/bash
unset MOZ_NO_REMOTE
/usr/bin/firefox "$@"
Em seguida, defina network.protocol-handler.warn-external.http como "true".
Em seguida, inicie o Thunderbird, clique em um link e escolha seu script.
Isso funciona para mim no Thunderbird 3.1 no RHEL6. Se eu tiver mais de um perfil do Firefox aberto, o link é aberto no primeiro perfil do Firefox que eu lancei.