Depende do caso de uso. Conforme declarado pelo @Oliver Salzburg, as Variáveis do Sistema afetam todos os serviços para cada usuário. Por exemplo, é necessário ao executar uma tarefa planejada no contexto de outro usuário.
Se você está apenas tentando executar scripts em lote como seu usuário, as Variáveis do usuário são um ótimo lugar. Outros usuários não serão afetados por isso.
Você deve tomar cuidado ao alterar completamente essas variáveis, porque algumas coisas no sistema podem quebrar, porque o caminho para alguns binários necessários não pode mais ser encontrado.