Este é realmente um grande tópico com um enorme número de níveis. A solução mais fácil / simples é usar um túnel VPN ou SSL para criptografar o tráfego passando por wi-fi (independentemente do wep / wpa). A maneira mais fácil que eu posso pensar em fazer isso é usar o cliente de terminal de massa grátis para definir um SSH túnel / proxy para algum sistema conectado à internet através de uma linha de terra (por exemplo, um linux máquina conectada ao seu roteador via ethernet).
Além disso, há muitas outras coisas que você pode / deve fazer, como usar vlans ou DMZs para manter um limite entre sua LAN e sua LAN sem fio e outras medidas de segurança de senso comum, como garantir que todos os seus sistemas estejam protegidos por contas de usuário com senhas strongs, etc.