Eu tive esse mesmo problema e entendi como configurar o ssh corretamente usando a instrução do seguinte site:
Em suma, você NÃO deve criar index.org manualmente. Você deve usar M-x org-mobile-push
para fazer isso. Mas para usar o org-mobile-push você precisa configurar as variáveis: org-mobile-directory
e org-mobile-inbox-for-pull
.
Por exemplo, na minha configuração, fiz o seguinte:
(setq org-mobile-directory (concat org-directory "/mobile/"))
(setq org-mobile-inbox-for-pull (concat org-directory "/index.org"))