Eu tentei este truque e funcionou para mim, (Kepler Version)
Vá para Windows - > Preferências - > Chaves .
Pesquise Close , você verá dois atalhos próximos Ctrl + F4 & Ctrl + W
Selecione qualquer um dos comandos Close & Agora clique em Copy Command , assim você verá outra entrada de Close sem ligação de chave.
Clique no comando Close recém-criado (que não terá nenhuma ligação agora, ou seja, Em branco na seção Ligação). Agora na seção Binding , atribua Ctrl + Q como sua ligação. Clique em Apply . Verifique novamente no Eclipse se Ctrl + Q está fechando seus arquivos de aplicativo / abertos. Ele vai fechar.
Novamente, vá para Windows - > Preferências - > Chaves .
Pesquise por Close e localize a ligação que você criou Close - > Ctrl + Q . Clique aqui e selecione o Unbind Command . Pressione Apply . Agora o Ctrl + Q não fará nada.
Espero que ajude.