Esta pergunta anterior parece fornecer uma solução: você pode usar o Devil's Pie para mover programaticamente as janelas do aplicativo para os espaços de trabalho corretos com base em determinadas propriedades (nome do programa, título da janela, etc.)
Se você quiser um comportamento totalmente dinâmico, provavelmente poderá executar um script no momento do logout que registre qual programa está em qual espaço de trabalho, mas não tendo usado a Devil's Pie por conta própria, não tenho certeza de quanto trabalho seria. / p>