Também estou usando o Acronis True Image e também tenho toda a criptografia de disco e faço backup dos meus arquivos quase diariamente. O que poderia ser irritante é que você não pode fazer o backup da unidade completa, mas se você alternar para o painel da partição, poderá selecionar todas as partições individualmente e, em seguida, continuar a fazer o backup da sua unidade como antes. Ainda assim, você deve armazenar seus backups em outra unidade criptografada, pois os próprios arquivos de backup não serão criptografados.
A propósito, estou usando o Win 7 (x64) SP 1 com o TC 7.0a e o Acronis True Image Home 2011 v14.0.0.6574