O Skype está agora na versão 5.3.32.108 no momento.
Eu não testemunhei esse comportamento e tudo o que posso sugerir é atualizar para a versão mais recente.
Com uma das atualizações recentes do Skype v5.1.0.112 para o Windows 7, o aplicativo agora se força aleatoriamente à frente e me distrai da minha tarefa.
Parece ser para fins de publicidade, ele levanta uma caixa de diálogo de diálogo no centro que diz:
Thank you for using Skype!
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Existe uma maneira de suprimir essa janela e não aumentá-la com foco forçado e distrair meu fluxo de trabalho?
Eu tive o mesmo problema. Depois de instalar o Skype 5.7 Beta para Windows, comportamento foi embora.