Ferramentas > Informações da página [Permissões] permitem que você defina as permissões para uma página / site em particular.
Na configuração Abrir janela pop-up , desmarque a caixa de seleção "Usar padrão" e defina Bloco
Se isso não for suficiente, você pode usar um script GreaseMonkey, mas sem saber qual site, ninguém aqui poderá lhe dizer como.