Provavelmente, o único programa que compararia o firmware do BIOS com o firmware oficial é o carregador de firmware original para o firmware já carregado. É a única coisa que provavelmente tem a soma de verificação original.
Remover o jumper pode limpar suas configurações, mas o firmware básico e o código ruim provavelmente permanecerão.
A melhor maneira de garantir que seu firmware não esteja infectado é fazer o flash novamente.