Isso acontece quando você o inicia antes que o systray tenha a chance de inicializar. Basta movê-lo para mais tarde na sua configuração, ou colocar um sono no seu script de inicialização para esperar alguns segundos antes de tentar iniciar.
Eu também odeio esse problema quando uso o Cairo Dock porque eu não tinha uma bandeja do sistema ligada. Portanto, certifique-se de que não é você também.