O Rsync gosta de copiar arquivos na mesma ordem. Se você quiser que vários rsyncs funcionem em paralelo, a abordagem mais fácil pode ser particionar manualmente o trabalho entre dois.
Por exemplo, na máquina A:
rsync -avz foo/[A-Ga-g]* remote:foo/
E então, na máquina B:
rsync -avz foo/[H-Zh-z]* remote:foo/
Você deseja que os conjuntos de arquivos sejam de tamanho comparável. Em algum momento, há um retorno decrescente com base na rede disponível e na largura de banda do disco no sistema de destino.