Hoje em dia, muitos ISPs estão fazendo algum tipo de traffic shaping no tráfego e geralmente isso está no tráfego P2P por razões bastante óbvias. Então sim, é mais do que provável que o seu ISP esteja fazendo algum tipo de configuração nas conexões.
Eu sugeriria realizar uma captura de pacotes das duas máquinas para que você possa ter uma idéia melhor do que realmente está acontecendo, você pode ver coisas como pacotes RST excessivos de seus pares de torrent remotos. Com o hardware certo, eles podem ser forjados pelo seu ISP para induzir o software a pensar que a conexão foi fechada, moldando efetivamente a velocidade. Faça uma busca rápida por “sandvine rst tcp” se você quiser ler um pouco mais sobre isso.
Existem certamente muitos outros métodos que seu ISP poderia usar, isso é apenas um exemplo.