Estou entendendo corretamente que você deseja instalar o Windows em uma unidade USB? O Windows não pode ser instalado em uma unidade USB. eSATA iria funcionar. Possivelmente Firewire. Embora possa haver uma solução alternativa, há um problema no processo de inicialização que desconcentra o dispositivo USB por um momento e, naturalmente, que ocorre uma falha na inicialização.