Estou vendo um problema semelhante no Windows 8 e no Ubuntu 12.04, mas ambos os sistemas operacionais estão instalados no mesmo HDD em partições diferentes.
Se a partição do Windows estiver ativa, o desligamento funcionará como esperado.
Se eu fizer a partição do Ubuntu ativa e inicializar o Windows 8 pelo grub, não consigo desligar (a tela fica preta e o LED do HDD pisca um pouco, mas o LED WiFi permanece aceso. Se eu tocar uma tecla ou o trackpad, a tela é ativada e estou de volta à tela de bloqueio do Windows.
Curiosamente, o uso do comando "shutdown / s" do Windows funciona, mesmo ao inicializar via grub.