Não é grátis, mas, IMHO, barato e vale a pena, Além da comparação permitirá que você faça uma comparação CRC (que deve ser muito mais rápido que o MD5) ou até mesmo uma comparação binária completa, se você quiser.
Ao comparar pastas e subpastas, você pode definir um filtro para exibir apenas incompatibilidades, portanto, se você tiver um grande número de arquivos e pastas, poderá determinar rapidamente se algum está errado ou faltando.
Ele também pode fazer a cópia / sincronização para você.
Eu usei-o recentemente para copiar vários milhares de arquivos e pastas para um site FTP e, em seguida, fazer uma comparação para garantir que todos os arquivos foram enviados corretamente. Com as desconexões da internet, alguns dos arquivos não foram enviados corretamente, mas foi muito fácil determinar quais e fazer o upload novamente.