Mais espaço livre faz seu disco ter um melhor desempenho, sim [crédito sblair]. Uma coisa que você pode querer ter em mente é que, além do sistema operacional, você também terá todos os arquivos colocados na sua área de trabalho na unidade SSD (a menos que você redirecione esse diretório ou use Active Directory , etc).
Desde que você instale programas grandes em uma unidade diferente, você não deve ter nenhum problema. Eu iria para os 40 apenas por causa da simplicidade. Na maioria dos casos, a frustração e o tempo desperdiçados em uma unidade menor não valem o custo apenas para obter a próxima maior.