Does Windows 10 support having different File History jobs?
AFAIK no.
Você tem duas opções:
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Ao conectar a unidade USB, mude temporariamente o destino do histórico, deixe-o fazer backup e defina o destino do histórico de volta ao local normal. Quando você seleciona a unidade USB, ela se oferece para continuar o histórico existente para evitar a cópia completa. O mesmo ao selecionar o local normal.
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Crie outra conta de usuário, permita que ela acesse sua conta e configure o histórico para fazer o backup de sua conta normal na unidade USB. Então, quando você quiser fazer backup para a unidade USB, faça o login nessa conta e deixe o histórico fazer o backup (isso deve acontecer automaticamente, mas você também pode clicar em "Executar agora" no painel de controle).