Isso tem a ver com o espaçamento vertical do ícone. O que quer que você tenha definido, não há uma linha completa abaixo (entre o que você vê e a barra de tarefas) para que a linha inferior completa pareça ter uma linha de espaço abaixo dela, quando na verdade não há espaço suficiente para outra linha.
Portanto, se você deseja que os ícones fiquem mais baixos, é necessário ajustar o espaçamento vertical dos ícones. Eu costumo fazer isso um pixel ou dois de cada vez.
No Windows 7, ele está nas Propriedades de Vídeo, com o botão direito do mouse no espaço vazio na área de trabalho > Personalizar > Cor da janela > Configurações avançadas de aparência > Espaçamento de ícones (vertical). Basta aumentar um pixel ou dois de cada vez, reorganizar a área de trabalho, etc., até encontrar uma configuração que organize as linhas de modo que a parte superior fique no topo & o fundo está perto o suficiente para o fundo para se adequar a você.
Não tenho certeza se estou sendo claro, mas simplificado: suponha que a tela tenha 100 pixels de altura. Se você definir o espaçamento dos ícones como 13 pixels, você ajustará 7 linhas e terá 9 pixels restantes na parte inferior (dos 13 necessários para outra linha), portanto, pode ser muito semelhante à imagem postada. Mas se você definir o espaçamento vertical para 12 pixels, ele terá apenas 4 à esquerda na parte inferior, portanto, parecerá mais uma "linha inferior".