Eu tive esse mesmo problema, sobre o qual escrevi longamente aqui .
O problema que você está tendo pode ser causado pelo uso de um modelo LXC que não corresponde ao seu host. Eu estou usando o Proxmox 4.4, que é baseado no Debian 8.6. Meu contêiner foi baseado no Ubuntu 16.04. Assim como você, vi os nós passados no contêiner com raiz como proprietário e grupo, e não como nobody: nogroup como esperado.
Uma postagem no fórum em que tropecei me inspirou a construa um novo container baseado em um template que combine com meu host, Debian 8.6. Depois disso, os /dev
foram de propriedade de nobody:nogroup
e nvidia-smi
identificaram corretamente minha GPU.
Se o seu não for compatível, recomendo que você tente combiná-los - a única maneira que conheço é reconstruí-lo.