O problema é com o controlador de portas USB ou com drivers que travam. Do que você descreveu, parece que se os dispositivos USB conectados consomem muita energia (cerca de 500 mA ou mais - limitação para USB 2.0), eles bloqueiam o hub / controlador da porta USB. O rato está a consumir pouco enquanto os dispositivos de armazenamento USB não estão (incluindo o telemóvel). A primeira etapa da solução de problemas é verificar se a unidade flash USB está visível no BIOS e disponível para inicialização. Se você pode inicializar a partir de USB - que o problema é sobre drivers de hub USB do Windows.
Além disso, aconselho que você inicie o Windows PE a partir de uma unidade USB ou de CD / DVD que não requer instalação - você obterá um ambiente puro onde poderá testar seu dispositivo USB. Eu aconselho usar o Live DVD / USB de Ieshua ( link ) ou algo parecido com link