Em outra janela de comando ou na caixa "Executar", você pode usar o PSKill, também da Sysinternals. É capaz de matar um processo remoto.
Usage: pskill [-t] [\computer [-u username [-p password]]] <process ID | name>
-t Kill the process and its descendants.
-u Specifies optional user name for login to
remote computer.
-p Specifies optional password for user name. If you omit this
you will be prompted to enter a hidden password.
Como alternativa, você pode executar o RDP (ou qualquer método semelhante) na máquina remota e eliminar a tarefa do gerenciador de tarefas.
Uma vez que o processo é finalizado, a janela de comando deve retornar ao prompt.