Eu tenho encontrado esse problema nos últimos meses. Não tenho certeza do que está causando o problema e como evitá-lo completamente. Antes, quando eu abria o MS Office / Outlook ou o SharePoint, que são integrados ao Lync por causa do Single Sign On, notei que o Lync teria esse problema.
A solução que funcionou para mim é que eu primeiro abro o Microsoft Lync depois de iniciar o meu computador e só então abro qualquer outro programa como o Microsoft Outlook / SharePoint.
Tente esta abordagem.