Para criar e exibir legendas para um arquivo de áudio, você pode usar vários softwares de legendas. Um que deve funcionar para as suas necessidades é "Legendas do Gnome".
Lá você pode escolher Vídeo / Abrir no menu e selecionar seu arquivo de áudio. Exibe uma área de vídeo acima das definições de legenda. Para testar, coloque algumas legendas em, digamos, 2 segundos do início e, em seguida, use o botão de reprodução na área de vídeo. Reproduz o arquivo de áudio e mostra sua legenda após 2 segundos.
Claro, isso não é um programa de gravação. Mas você pode apenas iniciar a gravação em outro programa (e ajustar a pausa no início usando um programa de edição de áudio. Você precisará de um, porque 40 minutos são longos o suficiente para compor frases de gravações diferentes).