Isso parece ser um problema conhecido: link
Não parece que eles estão esperançosos em consertá-lo em breve, infelizmente.
O último comentário no link sugere o uso de autohotkeys para basicamente acionar dois comandos alt-tab ao invés de um quando tentar tab e mtputty está aberto, o que é uma boa solução se você usa o autohotkey regularmente ou não se importa em adicioná-lo seu autostartup.
Sim, eu sei que você perguntou isso há algum tempo e provavelmente não se importa mais, mas sempre que eu encontro uma pergunta de estouro de pilha sem resposta eu queria uma resposta para tentar voltar e responder depois de descobrir a solução para meu problema.