Se os arquivos na sua área de trabalho foram atalhos para arquivos que estão na sua rede ou em um disco rígido externo, uma tarefa agendada da Microsoft é a culpa, para desativar essa tarefa para que ela não aconteça novamente:
- Abra o "Agendador de Tarefas" (taskschd.msc)
- Navegue até a Microsoft - > Windows - > Diagnóstico
- Clique com o botão direito na tarefa no quadro do meio e selecione "Desativar"
Até onde eu sei, não há como recuperar os atalhos que foram removidos da sua área de trabalho.