O Apache não está realmente fazendo as conexões de saída; PHP é. Então é o PHP que precisa falar com o proxy SOCKS.
Relevante: link
Seria mais fácil se você tivesse um proxy HTTP e mais fácil com uma VPN. Talvez você devesse dar uma chance ao OpenVPN?
Como alternativa, você pode configurar o Privoxy em seu servidor para conversar com seu proxy SOCKS e, em seguida, configurar o PHP para usar o Privoxy como um proxy HTTP.