Você pode abrir usando a opção -geometry
do gnuplot para fornecer o tamanho da janela.
Se você usa o gnuplot dentro de um script, você pode fazer algo assim:
resolution=$(xrandr | grep '*') && resolution=${resolution% *}
gnuplot -persist -geometry $resolution << EOF
plot sin(x)
EOF
Como alternativa, você pode criar esse alias em .bashrc
ou o que for
alias gnuplotfs="resolution=\$(xrandr | grep '*') && resolution=\${resolution% *} && gnuplot -geometry \$resolution"