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Você pode inverter o esquema:
Editar → Preferências → Editor → Exibir → Verificar: Inverta o esquema de cores do marcador.
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O esquema alt está em (você pode testar se pode adicionar outro ou apenas modificar este)
/usr/share/geany/colorschemes/alt.confNota: Como encontrei isto?
Eu verifico pacotes geany usando
synaptic. Procurando na guia Arquivos instalados , ela foi encontrada emgeany-commonpackage.